Valencia

Beliau membuat debut untuk pasukan junior Valencia pada usia 17 tahun ketika beraksi di Tercera División dan membantu pasukannya untuk kembali ke Segunda División B. Beliau kemudian dibawa ke skuad senior pada pramusim 2011 dan beliau menjaringkan gol ketika menentang Sporting Clube de Portugal, Valencia menang 3-0 lalu beliau menandatangani kontrak profesional sehingga tahun 2015.

Bernat membuat debut untuk skuad senior di La Liga ketika menang 4-3 ke atas Racing de Santander pada 27 Ogos 2011. Bernat menjaringkan gol pertamanya untuk Valencia pada 28 November 2012 ketika menjaringkan gol terakhir untuk pasukannya menang 3-1 ke atas UE Llagostera pada perlawanan Piala Raja Sepanyol (Valencia menang 5-1 pada agregat). Beliau menjaringkan gol pertamanya di liga ketika bertemu Elche CF namun pasukannya tewas 1-2.

Dari tahun 2013, Bernat mula bermain di posisi pertahanan.

Bayern Munich

Pada 7 Julai 2014, Bernat menandatangani kontrak lima tahun bersama FC Bayern Munich. Beliau membuat debut liga pada 22 Ogos ketika menang 2-1 ke atas VfL Wolfsburg. Beliau menjaringkan gol pertamanya untuk Bayern ketika tewas 1-4 kepada Wolfsurg pada 30 Januari 2015.